تتكامل فواتير المشتريات و مردوداتها مع مستندات المخزون بشكل كبير حيث تستطيع المنشأة تهيئة البرنامج ليقوم أتوماتيكياً بإصدار سند التوريد الخاص بفاتورة المشتريات و سند الصرف الخاص بمردودات المشتريات بمجرد إصدار الفاتورة و من ثم القيام بالتأثير المطلوب بالمخازن سواء بالزيادة أو النقصان ، كما تستطيع المنشأة إصدار سندات التوريد و الصرف يدوياً بناءاً على فواتير المشتريات و مردوداتها.
يقوم البرنامج بإصدار القيود اللازمة لعمل التأثيرات المحاسبية بمجرد إصدار فواتير المشتريات و مردوداتها ، يمكن للمنشأة التحكم في الحسابات المتأثرة بسندات المشتريات بسهولة و تقسيمها على حسب نوعيتها و الدفتر التي تنتمي له الفاتورة.
من ناحية أخرى تستطيع المنشأة إصدار سند الدفع الخاص بفاتورة المشتريات بناءاً على قيمة الفاتورة و بالمثل فسندات القبض الخاصة بمردودات المشتريات يمكن إصدارها بناءاً على مستند مردودات مشتريات و من ثم التأثير على مديونية المورد.

تتأثر كميات المخزون بفواتير المشتريات و مردوداتها بمجرد ترحيلها مباشرة إذا تم تهيئة البرنامج بحيث يقوم أتوماتيكياً بإصدار سندات التوريد و الصرف بعد إصدار فواتير المشتريات و مردوداتها ، أما إذا تم تهيئة البرنامج بحيث يقوم المستخدم يدوياً بإصدار مستندات التوريد و الصرف بناءاً على فواتير المشتريات و مردوداتها.
من ناحية أخرى يولي مطورو البرنامج أهمية خاصة للتكلفة الخاصة بأصناف المخزون فيتيح البرنامج معلومة يقوم المستخدم من خلالها بتحديد التكلفة القياسية الخاصة بكل صنف كما يقوم البرنامج بتسجيل أخر تكلفة من خلال أخر سند توريد تم إصداره و التكلفة السابقة من خلال سند التوريد السابق له و بناءاً على مجموع التكاليف و الكميات بالمخزون يقوم البرنامج أتوماتيكياً بحساب متوسط تكلفة المخزون كما يقوم البرنامج بتسجيل التكلفة الخاصة بأخر أمر شراء.

ليس من الضروري أن يتم توريد كافة الأصناف المشتراة في مخزن واحد حيث تستطيع المنشأة من خلال فاتورة المشتريات توريد البضاعة لأكثر من مخزن ، كذلك الأمر يمكن إصدار فاتورة مردودات مشتريات لصرف البضاعة من أكثر من مخزن ، بدلاً من إصدار فواتير بعدد المخازن التي سيتم التعامل معها من خلال عملية الشراء.